朴奇永(崔丹尼尔 饰)刚把U盘交给全宰旭局长，全局长就在电梯里被人杀害了，凶手带着U盘不翼而飞。朴奇永还来不及为这重大变故而反应时，警察便来到案发地点，他只得匆匆离去。这一切当然还是赵贤敏(严基俊 饰)的安排，他的手下也在第一时间将U盘里的资料全部删除。全局长的案件被移交特殊搜查科，由申景修(崔政宇 饰)全权负责，这下案子根本无法查清。在赵贤敏的着力安排下，朴奇永被推到风口浪尖，被所有人追捕。好不容易躲过层层围捕的朴奇永悄悄和权队长、江美见面，得知现在什么线索都没有，连大哥组也消失了，朴奇永决定逼大哥组现身。 由于全局长的意外死亡，现在的搜查科由申景修全权负责，权队长为首的搜查队员对他满怀戒心，不让他接触有关CK电子的一切证物。就在队员们开会的时候，朴奇永行动了，他用哈迪斯的手法入侵警察局电脑，并留下警告说电脑中的SAFE-TECH杀毒软件是黑客软件，在警局内造成恐慌。很快搜查队便接到消息，哈迪斯不仅入侵了警局，他还大肆入侵所有政府及公开场所，一时间只要是联网的电脑都被哈迪斯病毒入侵。朴奇永的做法在社会上引起巨大恐慌，SAFE-TECH的销量直线下降，股票也跌了好多。警察在哈迪斯的家里找到了来这里查看情况的胜妍，便将她抓回警局，幸好权队长来看她，表示一定会尽快放她出来。 各大政府机关在一起开会，权队长建议国家情报局对SAFE-TECH的杀毒软件重新审定，申景修赞同他的话，于是针对杀毒软件的审查和哈迪斯的追踪同时展开。 赵贤敏对这一连串的变故根本毫不在意，他最关心的是CK电子软件的回收，而这时正在秘密地点分析软件李泰钧经过一番努力终于完成了文件重组，他立刻将文件传给权队长。权队长的电脑早已被大哥组所监视着，很快大哥组便通过这份邮件的传送找到李泰钧的位置，这次姜应真决定亲自去找李泰钧收回原件。姜应真离开后，大哥组的人稍稍放松了警惕，朴奇永趁机入侵他们的电脑，查出其所处的位置，与权队长急速赶往那里。可是到了那里却发现IP地址竟然在不停地更换，朴奇永找出地图发现大哥组的人很可能藏在一辆大卡车里，两人立刻分头行动，可是这时敌人发现了追踪软件，将电脑切断。朴奇永正在焦急时意外看到对面驶来一辆奇怪的大卡车，他意识到大哥组很可能就在里面，急忙追上去，并将卡车的照片发给权队长。 姜应真来到李泰钧所处的位置，这时李泰钧刚把电脑中的资料删除，根本没来得及离开，正好与姜应真撞上。就在姜应真威逼他交出软件的时候，江美带着人及时出现将他抓捕。另一边权队长和朴奇永也成功将那辆卡车拦截，一举抓获大哥组的所有人。朴奇永看到那个杀死全局长的凶手，忍不住上前揍他一拳，再将其捕获。这一次搜查队可谓是大丰收，不仅抓获大哥组的全部成员，还保留了所有的数据证据，包括SAFE-TECH杀毒软件的源头。朴奇永和权队长都很激动，他们亲手将所有证据保存下来，并制作许多的副本带回警局分析。 闻讯而来的申景修前来查看情况，并问权队长是否和“金宇炫(苏志燮 饰)”一同参与抓捕行动，企图将这次行动的证据抹黑。权队长毫不客气地说姜应真与申景修是同乡，这之间的牵扯更大，并将那一大堆副本展示给申景修，暗示他这一次再不会有机会销毁证据。 SAFE-TECH被没收，赵贤敏第一时间摆脱与大哥组的联系，将自己同SAFE-TECH的撇清关系，这时赵贤敏已经意识到自己最大的敌人不是证据而是朴奇永。 权队长开始审问姜应真，但他死咬着就是不说出幕后指使。不止他，所有大哥组的人都不肯指证赵贤敏，搜查队也找不到任何与赵贤敏有关的证据。就在朴奇永和权队长为此发愁的时候，又一件事发生了，宇炫的儿子善宇失踪了。三人急忙去查看情况，朴奇永来到那个游乐场却发现善宇正和赵贤敏在一起。赵贤敏用善宇和金锡均的命威胁朴奇永，要他不再插手世强的事。朴奇永明白赵贤敏是要他死，仔细思考之后，他有了一个计划。 深夜，朴奇永独自待在他的《纪实故事》杂志社，回想起当年离开警校的经过，想起宇炫死的那个夜晚，想起自己整容成宇炫的经过，更加的心烦。 赵载敏杀害南尚元的案子终于开始最终审判，检察官发表结案陈词，决定对他施以15年有期徒刑。眼看赵载敏要进监狱，赵贤敏正在高兴时，一个声音打破他的兴致。朴奇永突然出现在法庭，以“金宇炫”的身份说南尚元死亡当晚自己就在现场，并指认真凶就是赵贤敏。